Τμήμα Α' Ελέγχων ΕισαγωγώνΤμήμα Β' Ελέγχων Εξαγωγών και ΕφοδιασμώνΤμήμα Γ' Ελέγχων Ειδικών ΚαθεστώτωνΤμήμα Γ' Ελέγχων Προϊόντων ΕΦΚ, ΦΚ, Φόρου Πολυτελείας και Μεταφορικών ΜέσωνΤμήμα Γ' Τμήμα Διοικητικής και Νομικής Υποστήριξης