Γενική Διεύθυνση Ελέγχων, Ενισχύσεων και Πληρωμών (ΓΔΕΛΕΠ)

Δ/νση Άμεσων Ενισχύσεων και Αγοράς (ΔΑΕΑ)
Δ/νση Προγραμμάτων Ενισχύσεων Αγροτικής Ανάπτυξης (ΔΙΠΕΑΑ)
Δ/νση Τεχνικών Ελέγχων (ΔΤΕ)
Δ/νση Πληρωμών Αγροτικών Ενισχύσεων (ΔΙΠΑΓΕ)
Δ/νση Διαχείρισης Ενισχύσεων και Πληρωμών Τρίτων Φορέων (ΔΙΔΙΕΠ)
Διεύθυνση Συντονισμού, Προγραμματισμού και Αναφορών (ΔΙΣΥΠΑ)
Αυτοτελές Τμήμα Νομικής Υποστήριξης (ΑΤΝΥ)
Αυτοτελές Τμήμα Διεθνών Σχέσεων και Συντονισμού Ευρωπαϊκών Θεμάτων
Αυτοτελές Τμήμα Υποστήριξης και Ελέγχου (ΑΤΥΕ)