Γενικές Διευθύνσεις και υπαγόμενες υπηρεσίες
- Προϊστάμενος/-η Γενικής Διεύθυνσης Ηλεκτρονικής Διακυβέρνησης (ΓΔΗΛΕΔ)
- Αυτοτελές Τμήμα Ασφάλειας (ΑΤΑ)
- Αυτοτελές Τμήμα Υποστήριξης (ΑΤΥΠΟ)
- Δ/νση Ανάπτυξης Τελωνειακών, Ελεγκτικών και Επιχειρησιακών Εφαρμογών (ΔΑΤΕ)
- Δ/νση Ανάπτυξης Φορολογικών Εφαρμογών (ΔΑΦΕ)
- Δ/νση Διαχείρισης Υποδομών (ΔΙΔΥΠΟΔ)
- Δ/νση Επιχειρησιακών Διαδικασιών (ΔΙΕΠΙΔΙ)
- Δ/νση Στρατηγικής Τεχνολογιών Πληροφορικής (ΔΙΣΤΕΠΛ)
- Δ/νση Υπηρεσιών Δεδομένων (ΔΥΠΗΔΕΔ)
- Προϊστάμενος/-η Γενικής Διεύθυνσης Οικονομικών και Τεχνικών Υπηρεσιών (ΓΔΟΤΥ)
- Διεύθυνση Προϋπολογισμού και Δημοσιονομικών Αναφορών (ΔΠΔΑ)
- Δ/νση Οικονομικής Διαχείρισης (ΔΟΔ)
- Δ/νση Διαχείρισης και Εκμετάλλευσης Περιουσίας (ΔΙΔΕΠ)
- Δ/νση Στρατηγικής και Εκτέλεσης Προμηθειών (ΔΙΣΕΠ)
- Αυτοτελές Τμήμα Υποστήριξης & Ελέγχου (ΑΤΥΕ)
- Αυτοτελές Γραφείο Διαχείρισης Δαπανών ΝΣΚ και Λοιπών Δαπανών
- Διεύθυνση Λογιστικής (ΔΙΕΛ)
- Αυτοτελές Γραφείο Νομικής Υποστήριξης Συλλογικών Οργάνων Διενέργειας Διαδικασιών Ανάθεσης και Εκτέλεσης Δημοσίων Συμβάσεων
- Προϊστάμενος/-η Γενικής Διεύθυνσης Τελωνείων και Ειδικών Φόρων Κατανάλωσης (ΓΔΤ & ΕΦΚ)
- Αυτοτελές Τμήμα Διεθνών Τελωνειακών Σχέσεων (ΑΤΔΙΤΣ)
- Αυτοτελές Τμήμα Υποστήριξης (ΑΤΥ)
- Δ/νση Δασμολογικών Θεμάτων, Ειδικών Καθεστώτων & Απαλλαγών (ΔΔΘΕΚΑ)
- Δ/νση Ειδικών Φόρων Κατανάλωσης (ΕΦΚ) και Φόρου Προστιθέμενης Αξίας (ΦΠΑ)
- Διεύθυνση Στρατηγικής Τελωνειακών Ελέγχων & Παραβάσεων (ΔΣΤΕΠ)
- Δ/νση Τελωνειακών Διαδικασιών (ΔΤΔ)
- Ελεγκτικές Υπηρεσίες Τελωνείων (ΕΛΥΤ)
- Επιτελική Υπηρεσία Τελωνειακών Ελέγχων (ΕΥΤΕ)
- Τελωνειακές Περιφέρειες
- Τελωνειακά Ελεγκτικά Κέντρα (ΤΕΚ)
- Προϊστάμενος/-η Γενικής Διεύθυνσης Φορολογίας (ΓΔΦ)
- Αυτοτελές Tμήμα Υποστήριξης (ΑΤΥ)
- Δ/νση Ελεγκτικών Διαδικασιών (ΔΙΕΛΔΙ)
- Δ/νση Διαδικασιών Εισπράξεων και Επιστροφών (ΔΙΔΕΙΣΕΠ)
- Δ/νση Εφαρμογής Άμεσης Φορολογίας (ΔΕΑΦ)
- Δ/νση Εφαρμογής Έμμεσης Φορολογίας (ΔΕΕΦ)
- Δ/νση Εφαρμογής Φορολογίας Κεφαλαίου & Περιουσιολογίου (ΔΕΦΚ & Π)
- Δ/νση Διεθνών Φορολογικών Σχέσεων (ΔΔΦΟΣ)
- Προϊστάμενος/-η Γενικής Διεύθυνσης Φορολογικών Λειτουργιών (ΓΔΦΛ)
- Αυτοτελές Τμήμα Υποστήριξης (ΑΤΥ)
- Δ/νση Επιχειρησιακού Σχεδιασμού Εισπράξεων και Επιστροφών (ΔΙΕΣΕΕ)
- Δ/νση Επιχειρησιακού Σχεδιασμού Ελέγχων (ΔΙΕΣΕΛ)
- Δ/νση Φορολογικής Συμμόρφωσης (ΔΦΣ)
- Δ/νση Προγραμματισμού και Αξιολόγησης Ελέγχων και Ερευνών (ΔΙΠΑΕΕ)
- Επιχειρησιακή Μονάδα Είσπραξης (ΕΜΕΙΣ)
- Κέντρο Ελέγχου Μεγάλων Φορολογούμενων (ΚΕΜΕΦ)
- Φορολογικές Περιφέρειες (ΦΠ)
- Προϊστάμενος/-η Γενικής Διεύθυνσης Στρατηγικού Σχεδιασμού (ΓΔΣΣ)
- Δ/νση Στρατηγικού Σχεδιασμού (ΔΣΣ)
- Δ/νση Διαχείρισης Μεταρρυθμίσεων & Εργων (ΔΙΔΙΜΕ)
- Δ/νση Οικονομικών Μελετών και Προσδιορισμού Φορολογικού Κενού (ΔΟΜΠΦΚ)
- Αυτοτελές Τμήμα Υποστήριξης & Ελέγχου (ΑΤΥΕ)
- Αυτοτελές Γραφείο Υποστήριξης Επενδύσεων και Επιχειρηματικότητας