Από 1.1.2025 τίθεται σε εφαρμογή το νέο καθεστώς Μικρών Επιχειρήσεων στην Ε.Ε., το οποίο δίνει τη δυνατότητα στις μικρές επιχειρήσεις να επεκτείνουν το πεδίο άσκησης των δραστηριοτήτων τους και σε άλλα κράτη μέλη, πλην του κράτους μέλους εγκατάστασής τους, αίροντας τις υποχρεώσεις και τα διοικητικά βάρη που ισχύουν σήμερα και συνδέονται με τη δραστηριότητά τους στα άλλα κράτη μέλη (π.χ. λήψη ΑΦΜ, ενδεχομένη υποχρέωση υποβολής δηλώσεων ανάλογα με τους εθνικούς κανόνες κάθε κράτους μέλους, κλπ). 

Τα βασικά χαρακτηριστικά του νέου αυτού καθεστώτος είναι:

• Οι επιχειρήσεις θα μπορούν να κάνουν χρήση  του καθεστώτος απαλλαγής μικρών επιχειρήσεων με απλουστευμένες διαδικασίες, όχι μόνο στο κράτος μέλος που είναι εγκατεστημένες αλλά και σε όποιο άλλο κράτος μέλος εφαρμόζει καθεστώς απαλλαγής μικρών επιχειρήσεων.
• Για τη χορήγηση της απαλλαγής από άλλο κράτος μέλος θα αρκεί από 1.1.2025, η υποβολή αίτησης στη Φορολογική Διοίκηση του κράτους μέλους εγκατάστασης της επιχείρησης, η οποία στη συνέχεια θα τη διαβιβάζει στο κράτος μέλος από το οποίο η ενδιαφερόμενη επιχείρηση αιτείται την απαλλαγή, μαζί με στοιχεία σχετικά με το ύψος των διενεργούμενων συναλλαγών της επιχείρησης στο σύνολο της Ε.Ε. κατά το τρέχον ή το προηγούμενο έτος.
• Οι μικρές επιχειρήσεις που θα κάνουν χρήση του απαλλακτικού καθεστώτος σε περισσότερα του ενός κράτη μέλη θα μπορούν να διενεργούν ετησίως συναλλαγές ύψους έως 100.000 ευρώ, στο σύνολο της Ε.Ε., ενώ το εσωτερικό όριο απαλλαγής που δύναται να θεσπίσει ένα κράτος μέλος δε θα μπορεί να ξεπερνά  τις 85.000 ευρώ. Η Ελλάδα επί του παρόντος έχει όριο  τις 10.000 ευρώ.
• Η «διασυνοριακή απαλλαγή» ενεργοποιείται με την εγγραφή της επιχείρησης στο απαλλακτικό καθεστώς μικρών επιχειρήσεων οποιουδήποτε άλλου κράτους μέλους εφαρμόζει το εν λόγω καθεστώς. Με την εγγραφή της  διενεργεί συναλλαγές προς αυτά τα κράτη μέλη χωρίς να απαιτείται να εγγραφεί σε αυτά για σκοπούς ΦΠΑ (π.χ. απόκτηση ΑΦΜ, υποβολή δηλώσεων κλπ), με την προϋπόθεση να τηρεί τις υποχρεώσεις που έχει θεσπίσει και εφαρμόζει το κάθε κράτος μέλος για τις απαλλασσόμενες μικρές επιχειρήσεις στο εσωτερικό του. 

Σύμφωνα με τα παραπάνω, από 1.1.2025 μια ελληνική επιχείρηση θα μπορεί να αιτηθεί να κάνει χρήση του απαλλακτικού καθεστώτος μικρών επιχειρήσεων σε όποιο άλλο κράτος μέλος της Ε.Ε. επιθυμεί, εφόσον ο κύκλος εργασιών της κατά το προηγούμενο και κατά το τρέχον έτος δεν ξεπερνά τις  100.000 ευρώ στο σύνολο της Ε.Ε. και επίσης δεν ξεπερνά το εσωτερικό όριο απαλλαγής κάθε κράτους μέλους στο οποίο αιτείται την απαλλαγή. Για να κάνει χρήση αυτής της επιλογής, θα υποβάλλει αίτημα ηλεκτρονικά στη Φορολογική Διοίκηση, με συνημμένα στοιχεία που αφορούν στην τήρηση των ορίων απαλλαγής. Το αίτημα διαβιβάζεται ηλεκτρονικά στις φορολογικές διοικήσεις των άλλων κρατών μελών από τις οποίες αιτείται τη χορήγηση της απαλλαγής. Η δυνατότητα αυτή θα παρέχεται στην ελληνική επιχείρηση, είτε είναι ενταγμένη στο ειδικό καθεστώς μικρών επιχειρήσεων στην Ελλάδα, είτε όχι. 

Δηλαδή μια ελληνική επιχείρηση μπορεί να λειτουργεί με τους κανόνες του κανονικού καθεστώτος ΦΠΑ στο εσωτερικό της χώρας και ταυτόχρονα να χρησιμοποιεί το απαλλακτικό καθεστώς μικρών επιχειρήσεων άλλων κρατών μελών.

Παράλληλα, μια επιχείρηση εγκατεστημένη σε άλλο κράτος μέλος, π.χ. στη Γαλλία, που είναι ενταγμένη στο απαλλακτικό καθεστώς μικρών επιχειρήσεων εκεί, αιτείται μέσω της γαλλικής Φορολογικής Διοίκησης να κάνει χρήση του απαλλακτικού καθεστώτος μικρών επιχειρήσεων στην Ελλάδα. Το αίτημά της  διαβιβάζεται στην ελληνική Φορολογική Διοίκηση με την προαναφερόμενη διαδικασία, συνοδευόμενο από τα στοιχεία των διενεργούμενων συναλλαγών της τόσο στο σύνολο των κρατών μελών της Ε.Ε., όσο και στο εσωτερικό της Ελλάδας. Το ίδιο ισχύει και στην περίπτωση που η γαλλική επιχείρηση είναι ενταγμένη στο απαλλακτικό καθεστώς μικρών επιχειρήσεων στη Γαλλία. Και στις δύο περιπτώσεις, το σύνολο των απαλλασσόμενων συναλλαγών που θα μπορεί να διενεργήσει στο σύνολο των κρατών μελών της Ε.Ε., δε μπορεί να ξεπερνά τις 100.000 ευρώ ετησίως και στην Ελλάδα δε μπορεί να ξεπερνά το εγχώριο όριο απαλλαγής των 10.000 ευρώ.