Γενική Διεύθυνση Ψηφιακών Υπηρεσιών και Συστημάτων (ΓΔΨΗΦΥΣ)

Διεύθυνση Στρατηγικής και Αρχιτεκτονικής (ΔΙΣΤΡΑ)
Διεύθυνση Ανάπτυξης Επιχειρησιακών Εφαρμογών (ΔΑΝΕΠΕ)
Διεύθυνση Ανάπτυξης Εφαρμογών Αγροτικών Ενισχύσεων (ΔΑΝΕΑΓΕ)
Διεύθυνση Ανάπτυξης Φορολογικών Εφαρμογών (ΔΑΦΕ)
Διεύθυνση Ανάπτυξης Τελωνειακών Εφαρμογών (ΔΑΤΕ)
Διεύθυνση Υπηρεσιών Δεδομένων και Επιχειρησιακής Ευφυΐας (ΔΥΔΕΠΕ)
Διεύθυνση Υποδομών και Κυβερνοασφάλειας (ΔΙΔΥΠΟΚ)
Διεύθυνση Επιχειρησιακής Ανάλυσης και Επαλήθευσης Ψηφιακών Λύσεων (ΔΕΑΕΨΗΛ)
Δ/νση Ανάπτυξης Συστημάτων Ψηφιακών Συναλλαγών (ΔΑΣΥΨΗΣ)
Αυτοτελές Γραφείο Διαχείρισης Κίνδυνων
Αυτοτελές Τμήμα Υποστήριξης (ΑΤΥΠΟ)