Γενική Διεύθυνση Ηλεκτρονικής Διακυβέρνησης (ΓΔΗΛΕΔ)

Διεύθυνση Στρατηγικής Τεχνολογιών Πληροφορικής (ΔΙΣΤΕΠΛ)
Διεύθυνση Ανάπτυξης Φορολογικών Εφαρμογών (ΔΑΦΕ)
Διεύθυνση Ανάπτυξης Τελωνειακών, Ελεγκτικών και Επιχειρησιακών Εφαρμογών (ΔΑΤΕ)
Διεύθυνση Υπηρεσιών Δεδομένων (ΔΥΠΗΔΕΔ)
Διεύθυνση Διαχείρισης Υποδομών (ΔΙΔΥΠΟΔ)
Διεύθυνση Επιχειρησιακών Διαδικασιών (ΔΙΕΠΙΔΙ)
Αυτοτελές Τμήμα Ασφάλειας (ΑΤΑ)
Αυτοτελές Τμήμα Υποστήριξης (ΑΤΥΠΟ)