Γενική Διεύθυνση Δυνάμεων Ελέγχου Οικονομικών Συναλλαγών (ΓΔΔΕΟΣ)

Διεύθυνση Προγραμματισμού Ελέγχων Οικονομικού Εγκλήματος (ΔΙΠΕΟΕ)
Διεύθυνση Προγραμματισμού & Αξιολόγησης Φορολογικών Ελέγχων (ΔΙΠΑΦΕΕ)
Διεύθυνση Προγραμματισμού & Αξιολόγησης Τελωνειακών Ελέγχων & Ερευνών (ΔΙΠΑΤΕΕ)
Αυτοτελές Τμήμα Υποστήριξης (ΑΤΥ)
Αυτοτελές Τμήμα Κεντρικού Επιχειρησιακού Θαλάμου (ΚΕΘΑ)
Αυτοτελές Γραφείο Διαχείρισης Κινδύνων