Γενική Διεύθυνση Ηλεκτρονικής Διακυβέρνησης (Γ.Δ.ΗΛΕ.Δ.)

Διεύθυνση Στρατηγικής Τεχνολογιών Πληροφορικής (ΔΙ.Σ.ΤΕ.ΠΛ.)
Διεύθυνση Ανάπτυξης Φορολογικών Εφαρμογών (Δ.Α.Φ.Ε.)
Διεύθυνση Ανάπτυξης Τελωνειακών, Ελεγκτικών και Επιχειρησιακών Εφαρμογών (Δ.Α.Τ.Ε.)
Διεύθυνση Υπηρεσιών Δεδομένων (Δ.ΥΠΗ.ΔΕΔ.)
Διεύθυνση Διαχείρισης Υποδομών (ΔΙ.Δ.ΥΠΟΔ.)
Διεύθυνση Επιχειρησιακών Διαδικασιών (ΔΙ.ΕΠΙ.ΔΙ.)
Αυτοτελές Τμήμα Ασφάλειας (Α.Τ.Α.)
Αυτοτελές Τμήμα Υποστήριξης
Αυτοτελές Γραφείο Διαχείρισης Κινδύνων